Varianten-PCR und Sequenzanalyse – was ist das?

Varianten-PCR-Test

Die PCR (Polymerase Kettenreaktion, engl. polymerase chain reaction) stellt ein System dar, mit dem sich z.B. im biologischen und medizinischen Bereich bestimmte Regionen viraler Genome in vitro in relativ kurzer Zeit exponentiell vervielfältigen lassen, womit die Anwesenheit des Erregers festgestellt werden kann. Die Varianten-PCR ermöglicht es im speziellen auch Mutationen oder Deletionen im viralen Genom zu detektieren und lässt so Rückschlüsse auf eine bestimmte Virusvariante zu.

Sequenzierung und Analyse

Um einen genaueren Überblick über die Gesamtheit der Mutationen im Virusgenom zu erhalten, benötigt man allerdings Sequenzen vom kompletten Virusgenom, was über eine Sequenzierung (NGS Technologie, next generation sequencing) erfolgen kann. Eine Genom-Sequenzanalyse ist in der Molekularbiologie und Bioinformatik die automatisierte, computergestützte Bestimmung von charakteristischen Abschnitten, insbesondere von bekannten Genen bzw. des gesamten Genoms. Bei der DNA-Sequenzierung  werden gewonnene Informationen über die Abfolge und Position der Basenpaare untersucht.

Dies ist ein weitaus aufwändigeres Verfahren als die PCR, zumal dafür bestimmte Grundvoraussetzungen benötigt werden. Es bedarf spezieller Laborgeräte, Speicherkapazitäten für große Datenmengen sowie ausgeprägte bioinformatische Kenntnisse zur Datenanalyse.