Welche Testverfahren werden angewendet?

Zur genomischen Überwachung bzw. Surveillance der zirkulierenden Virusstämme setzen das CoMV-Gen-Studienzentrum Varianten-PCR und Next-Generation Sequencing ein. Diese beiden Testverfahren werden im Folgenden kurz erläutert.

Varianten-PCR

Die Abkürzung PCR steht für das Testverfahren Polymerasekettenreaktion (engl. Polymerase Chain Reaction). Mit dieser Methode werden gewünschte DNA-Abschnitte gezielt im Labor vervielfältig, um die Anwesenheit eines möglichen Erregers festzustellen. Anders als bei einer Vollgenomsequenzierung wird mit der Varianten-PCR nur ein bestimmter Teil der RNA des Coronavirus untersucht. Der variantenspezifische PCR-Test ermöglicht es durch Mutationen oder Deletionen veränderte Abschnitte im viralen Genom zu erkennen und Rückschlüsse auf bestimme Virusvarianten zu ziehen.

Sequenzierung der nächsten Generation

Das Verfahren Sequenzierung der nächsten Generation (kurz NGS, engl. Next-Generation Sequencing) ermöglicht einen genaueren Überblick über die Mutationen, da das gesamte Virusgenom untersucht wird und nicht nur ein bestimmter Abschnitt wie beim variantenspezifischen PCR-Testverfahren. Die Sequenzanalyse erfolgt durch eine automatisierte, computergestützte Bestimmung von charakteristischen Abschnitten des gesamten Virusgenoms, indem die Abfolge und Position der Basenpaare untersucht wird.

 

Im Gegensatz zu dem Varianten-PCR-Test ist dieses Verfahren aufwändiger, da zusätzlich bestimmte Grundvoraussetzungen benötigt werden. Es bedarf neben spezieller Laborgeräte auch Speicherkapazitäten für große Datenmengen und ausgeprägte bioinformatische Kenntnisse zur Datenanalyse.